Что делать с проведенным счет-фактурой на аванс, при получении счета-фактуры отгруженной?"

Путеводитель по налогам_ Практическое пособие по НДС:

После отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав вы должны выписать в двух экземплярах счет-фактуру и один из них передать покупателю (п. 3 ст. 168 НК РФ, п. 6 Правил заполнения счета-фактуры, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137). Счет-фактуру следует зарегистрировать в книге продаж (п. п. 1, 3 Правил ведения книги продаж, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137).

Обратите внимание на то, что при заполнении "отгрузочного" счета-фактуры в строке 5 необходимо указывать номер платежно-расчетного документа, по которому получена предоплата в счет состоявшейся отгрузки (пп. 4 п. 5 ст. 169 НК РФ).

Одновременно с регистрацией в книге продаж счета-фактуры, выставленного при отгрузке, в книге покупок регистрируется счет-фактура, выставленный при получении аванса (п. 22 Правил ведения книги покупок, утвержденных Постановлением N 1137).

См. образец заполнения счета-фактуры, выставляемого при отгрузке товаров в счет аванса, полученного по платежному поручению.